Повноекзомне секвенування (США) WES

Повноекзомне секвенування (США) включає високоякісний аналіз послідовності всього екзома, у поєднанні з аналізом делецій/дуплікацій всього екзома. Повноекзомне секвенування (США) дозволяє виявляти однонуклеотидні та індел-варіанти, а також більші делеції/дуплікації.

Повноекзомне секвенування є надійним і одним із найповніших генетичних тестів для виявлення хвороботворних змін при великій різноманітності генетичних порушень. У повноекзомному секвенуванні білок-кодуючі області всіх генів (близько 20 000) людського геному, тобто екзома, секвенуються з використанням технологій секвенування наступного покоління. У той час як екзом становить лише ~1% всього геному, 85% усіх мутацій, що викликають захворювання, розташовані саме там.

Повноекзомне секвенування Blueprint Genetics найбільше підходить в наступних випадках:

• складне неспецифічне генетичне захворювання з множинними диференціальними діагнозами.
• генетично гетерогенне захворювання.
• підозра на генетичне захворювання, у якому специфічний генетичний тест недоступний.
• невдале попереднє генетичне тестування.

Тест Повноекзомне секвенування (США) було розроблено для максимізації діагностичних результатів, насамперед за рахунок отримання високоякісних та однорідних даних секвенування. Дані секвенування аналізуються з власного сучасного біоінформатичного пайплайну, тобто послідовності компьютерних програм. Крім того, генетична інформація пацієнтів ретельно інтерпретується нашою командою генетиків та клініцистів з використанням інформації з останніх публікацій та актуальних баз даних.

Продуктивність Повноекзомного секвенування

Використовуються технологія повного захоплення екзома та методи секвенування нового покоління для отримання даних Повноекзомного секвенування клінічного рівня, максимально збільшуючи охоплення клінічно значущих генів.

1. Дуже однорідна глибина секвенування для всіх генів генома, що кодують білок:

• Середнє покриття секвенування в середньому 154x за гарантованих 100 млн читань секвенування.
• У середньому 99,4% пар основ у кодуючих областях генів та вибраних варіантів інтронів покривають не менше 20x.

2. Високочутливе та специфічне виявлення однонуклеотидних варіантів та інделів:

• Чутливість 99,7 % та специфічність > 99,99 % для виявлення однонуклеотидних варіантів у кодуючих областях генів та вибраних інтронних варіантів.
• Чутливість 97,0 % та специфічність > 99,99 % для виявлення інделів у кодуючих областях генів та вибраних варіантів інтронів (виявлено делеції до 220 п.н., вставки до 221 п.н.).
• Аналіз виконується з високою точністю (точність усередині циклу (повторюваність) 99,7%, проміжна точність (відтворюваність) 99,7%).

3. Чутливе та специфічне виявлення варіантів числа копій (CNV):

• Події делеції одного екзону виявляються з чутливістю >92%, а CNV із п'ятьма екзонами — з 98,6% та специфічністю >99,9%. Сегментально дубльовані області геному можуть мати знижену чутливість. За допомогою цього тесту неможливо визначити точні межі аберації кількості копій.

4. Включає секвенування повного мітохірургічного геному.

Клінічна інтерпретація тесту Повноекзомне секвенування

При аналізі даних виконується пошук генетичного пояснення симптомів пацієнта. Тому аналіз та звітність зосереджені на варіантах, які безпосередньо пов'язані з фенотипом пацієнта. Це включає відомі/можливо викликають захворювання гетерозиготні варіанти в генах, пов'язані з аутосомно-домінантними (AD) станами, гомозиготні/складні гетерозиготні варіанти в генах, пов'язані з аутосомно-рецесивними (AR) станами, або гетерозиготні/гомозиготні Х-зчепленими захворюваннями, які узгоджуються з усім або частиною фенотипу пацієнта.

Обмеження тесту Повноекзомне секвенування

Цей тест не виявляє:

• Складні інверсії
• Генні перетворення
• Збалансовані транслокації
• Експансія повторів
• Некодуючі варіанти глибші, ніж ±20 пар основ від екзон-інтронного кордону

Цей тест не може надійно виявити таке:

• Низький рівень мозаїцизму (варіант із часткою мінорного алелю 14,6% виявляється із ймовірністю 90%)
• Дільниці мононуклеотидних повторів
• Вставки більше 50 п.н.
• Делеції або дуплікації одного екзону
• Варіанти всередині псевдогенних областей/дубльованих сегментів

Переваги лабораторії (США)

• Акредитації CAP та ISO-15189, що охоплюють усі операції, включаючи секвенування всього екзома, панелі NGS та підтверджуючі випробування.
• Персонал, сертифікований CLIA, проводить клінічні випробування у лабораторії, сертифікованій CLIA.
• Потужні технології секвенування, передові методи збагачення мішеней та точні конвеєри біоінформатики забезпечують чудову аналітичну продуктивність.
• ~ 1500 некодуючих варіантів, що викликають захворювання, в аналізі Повноекзомне секвенування.
• Строга класифікація варіантів базується на модифікованій схемі класифікації варіантів ACMG.
• Систематичний робочий процес клінічної інтерпретації з використанням пропрієтарного програмного забезпечення, що забезпечує точну та простежувану обробку даних NGS.
• Вичерпні клінічні висновки.
• Можна замовити первинні данні секвенування в форматі .BAM, .VCF

Що далі?

Якщо аналіз WES вияв варіанти, які є можливою причиною хвороби, можна перевірити наявність цих варіантів у батьків. Аналіз окремих мутацій за Сенгером.

Якщо аналіз не виявив варіантів, це означає, що науці поки невідомий варіант, або його не можна визначити методом повноекзомного секвенування короткими прочитаннями (NGS другого покоління).

Можливо отримати сирі дані і робити перегляд даних або повторний аналіз кожні кілька років. Можливо, згодом науці стануть відомі нові генетичні чинники захворювання.

Лабораторія надає один безкоштовний перегляд даних, рекомендується замовляти це через 12 місяців, або якщо з'явилися нові симптоми, але не пізніше 24 місяців від дати отримання результату. У цій опції переглядаються лише варіанти, які раніше були в результаті.

Також лабораторія пропонує повторний аналіз даних. Під час повторного аналізу зразок секвенується повторно та проходить повний аналіз.

Зразок результату WES

Клінічна історія

Хворий хлопчик 2 років з підозрою на аутизм, затримкою дрібної моторики, затримкою мовлення, гіпертонусом і двостороннім крипторхізмом. Не розмовляє майже 2 роки. Дуже погано спить. На ім'я не реагує. Не жує, їсть тільки збиту блендером їжу. Має довгий фільтр, загнуті ніздрі, гіпертрихоз, плоскостопість. Немає повідомлень про подібне захворювання в сімейному анамнезі. Попереднє генетичне дослідження, проведене в інших лабораторіях: Каріотип 46, XY. Синдром Сміта Магеніса: не підтверджено.

Результат повноекзомного секвенування

Аналіз повного екзому ідентифікував гетерозиготний варіант ANKRD11 c.1903_1907del, с. (Lys635Glnfs*26). Варіант ANKRD11 c.1903_1907del, p.(Lys635Glnfs*26) класифікується як патогенний на основі наявних на даний момент даних, що підтверджують його хвороботворну роль. Захворювання, спричинене варіантами ANKRD11, успадковується за аутосомно-домінантним типом. Захворювання, пов’язане з ANKRD11, зазвичай спричинене варіантом de novo. Рекомендується генетична консультація та тестування членів сім’ї.



Як пройти дослідження

Пересадка кісткового мозку є протипоказанням.

У разі переливання крові необхідно зробити забір крові не раніше ніж через 3 тижні.

Проводиться забір венозної крові в пробірку з ЕДТА 4 мл.

Необхідно надати (взяти з собою або надіслати нам на електронну пошту) висновок лікаря з детальною клінічною картиною (опис симтомів, діагноз/попередній діагноз) та бажано фото досліджуваного пацієнта (якщо є фенотипно значущі особливості), заповнити в електронному вигляді анкету.

У всіх випадках за результатами секвенування необхідно отримати консультацію лікаря-генетика.

Сирі дані можуть бути надані на запит в форматах bam або vcf.

Додаткова інформація

Що таке повноекзомне секвенування?

Читати статтю