Полноэкзомное секвенирование (США) WES

Полноэкзомное секвенирование (США) включает в себя высококачественный анализ последовательности всего экзома, в сочетании с анализом делеций/дупликаций всего экзома. Полноэкзомное секвенирование (США) позволяет обнаруживать однонуклеотидные и индел-варианты, а также более крупные делеции/дупликации.

Полноэкзомное секвенирование является надежным и одним из наиболее полных генетических тестов для выявления болезнетворных изменений при большом разнообразии генетических нарушений. В Полноэкзомном секвенировании белок-кодирующие области всех генов (около 20 000) человеческого генома, т. е. экзома, секвенируются с использованием технологий секвенирования следующего поколения. В то время как экзом составляет лишь ~1% всего генома, 85% всех мутаций, вызывающих заболевание, расположены именно там.

Полноэкзомное секвенирование Blueprint Genetics больше всего подходит в следующих случаях:

• сложное неспецифическое генетическое заболевание с множественными дифференциальными диагнозами.
• генетически гетерогенное заболевание.
• подозрение на генетическое заболевание, при котором специфический генетический тест недоступен.
• неудачное предыдущее генетическое тестирование.

Тест Полноэкзомное секвенирование (США) был разработан для максимизации диагностических результатов, в первую очередь за счет получения высококачественных и однородных данных секвенирования. Данные секвенирования анализируются с использованием собственного современного биоинформатического пайплайна, то есть последовательности компьютерных программ. Кроме того, генетическая информация пациентов тщательно интерпретируется нашей командой генетиков и клиницистов с использованием информации из последних публикаций и актуальных баз данных.

Производительность Полноэкзомного секвенирования

Используются технология полного захвата экзома и методы секвенирования нового поколения для получения данных Полноэкзомнго секвенирования клинического уровня, максимально увеличивая охват клинически значимых генов.

1. Очень однородная глубина секвенирования для всех кодирующих белок генов генома:

• Среднее покрытие секвенирования в среднем 154x при гарантированных 100 млн чтений секвенирования.
• В среднем 99,4 % пар оснований в кодирующих областях генов и выбранных вариантов интронов покрывают не менее 20x.

2. Высокочувствительное и специфичное обнаружение однонуклеотидных вариантов и инделей:

• Чувствительность 99,7 % и специфичность > 99,99 % для обнаружения однонуклеотидных вариантов в кодирующих областях генов и выбранных интронных вариантов.
• Чувствительность 97,0 % и специфичность > 99,99 % для обнаружения инделей в кодирующих областях генов и выбранных вариантов интронов (обнаружены делеции до 220 п.н., вставки до 221 п.н.).
• Анализ выполняется с высокой точностью (точность внутри цикла (повторяемость) 99,7% , промежуточная точность (воспроизводимость) 99,7%).

3. Чувствительное и специфическое обнаружение вариантов числа копий (CNV):

• События делеции одного экзона обнаруживаются с чувствительностью >92%, а CNV с пятью экзонами — с 98,6% и специфичностью >99,9%. Сегментально дублированные области генома могут иметь пониженную чувствительность. С помощью этого теста невозможно определить точные границы аберрации числа копий.

4. Включает секвенирование полного митохрндриального генома.

Клиническая интерпретация теста Полноэкзомное секвенирование

При анализе данных выполняется поиск генетического объяснения симптомам пациента. Поэтому анализ и отчетность сосредоточены на вариантах, которые непосредственно связаны с фенотипом пациента. Это включает известные/возможно вызывающие заболевание гетерозиготные варианты в генах, связанные с аутосомно-доминантными (AD) состояниями, гомозиготные/сложные гетерозиготные варианты в генах, связанные с аутосомно-рецессивными (AR) состояниями, или гетерозиготные/гемизиготные/гомозиготные варианты, связанные с Х-сцепленными заболеваниями, которые согласуются со всем или частью фенотипа пациента.

Ограничения теста Полноэкзомное секвенирование

Этот тест не обнаруживает:

• Сложные инверсии
• Генные преобразования
• Сбалансированные транслокации
• Экспансия повторов
• Некодирующие варианты глубже, чем ±20 пар оснований от экзон-интронной границы

Этот тест не может надежно обнаружить следующее:

• Низкий уровень мозаицизма (вариант с долей минорного аллеля 14,6% выявляется с вероятностью 90%)
• Участки мононуклеотидных повторов
• Вcтавки больше 50 п.н.
• Делеции или дупликации одного экзона
• Варианты внутри псевдогенных областей/дублированных сегментов

Преимущества лаборатории (США)

• Аккредитации CAP и ISO-15189, охватывающие все операции, включая секвенирование всего экзома, панели NGS и подтверждающие испытания.
• Персонал, сертифицированный CLIA, проводит клинические испытания в лаборатории, сертифицированной CLIA.
• Мощные технологии секвенирования, передовые методы обогащения мишеней и точные конвейеры биоинформатики обеспечивают превосходную аналитическую производительность.
• ~ 1500 некодирующих вариантов, вызывающих заболевания, в анализе Полноэкзомное секвенирование.
• Строгая классификация вариантов основана на модифицированной схеме классификации вариантов ACMG.
• Систематический рабочий процесс клинической интерпретации с использованием проприетарного программного обеспечения, обеспечивающего точную и прослеживаемую обработку данных NGS.
• Исчерпывающие клинические заключения.
• Можно заказать первичные данные секвенирования в формате .BAM, .VCF

Что дальше?

Если анализ WES выявил варианты, являющиеся возможной причиной болезни, можно проверить наличие этих вариантов у родителей. Анализ отдельных мутаций по Сэнгеру.

Если анализ не выявил вариантов, это означает, что науке пока неизвестен вариант, или его нельзя определить методом полноэкзомного секвенирования короткими прочтениями (NGS второго поколения).

Возможно получить сырые данные и делать пересмотр данных или повторный анализ каждые несколько лет. Возможно, со временем науке станут известны новые генетические факторы заболевания.

Лаборатория предоставляет один бесплатный пересмотр данных, рекомендуется заказывать это по истечении 12 месяцев, или если появились новые симптомы, но не позднее 24 месяца от даты получения результата. В этой опции пересматриваются только варианты, которые были ранее в результате.

Также лаборатория предлагает повторный анализ данных. Во время повторного анализа образец секвенируется повторно и проходит полный анализ.

Образец результата WES

Клиническая история

Больной мальчик 2 лет с подозрением на аутизм, задержкой мелкой моторики, задержкой речи, гипертонусом и двусторонним крипторхизмом. Не разговаривает почти 2 года. Очень плохо спит. На имя не реагирует. Не жует, ест только сбитую блендером еду. Имеет длинный фильтр, загнутые ноздри, гипертрихоз, плоскостопие. Нет сообщений о подобном заболевании в семейном анамнезе. Предварительное генетическое исследование, проведённое в других лабораториях: Кариотип 46, XY. Синдром Смита Магениса: не подтвержден.

Результат полноэкзомного секвенирования

Анализ полного экзома идентифицировал гетерозиготный вариант ANKRD11 c.1903_1907del, с. (Lys635Glnfs*26). Вариант ANKRD11 c.1903_1907del, p.(Lys635Glnfs*26) классифицируется как патогенный на основе имеющихся в настоящее время данных, подтверждающих его болезнетворную роль. Заболевание, вызванное вариантами ANKRD11, наследуется по аутосомно-доминантному типу. Заболевание, связанное с ANKRD11, обычно вызвано вариантом de novo. Рекомендуется генетическая консультация и тестирование членов семьи.



Как пройти исследование

Требования сдачи крови натощак нет

Пересадка костного мозга является противопоказанием.

В случае переливания крови, необходимо делать забор не ранее чем через 3 недели

Проводится забор венозной крови в пробирку с ЭДТА 4 мл.

Необходимо предоставить (взять с собой или прислать нам на электронную почту) заключение врача с подробной клинической картиной (описание симтомов, диагноз/предварительный диагноз) желательно фото исследуемого пациента (если есть фенотипически значимые особенности), заполнить в электронном виде анкету.

Во всех случаях по результатам секвенирования необходимо получить консультацию врача-генетика.

Дополнительная информация

Что такое полноэкзомное секвенирование?

Читать статью