Аналізи ДНК в Україні
Всі аналізи/Панелі (секвенування NGS)
Це панель зі 102 генів, що включає делеції, дуплікації, оцінку варіантів, що не кодують.
Ідеально підходить для пацієнтів з клінічною підозрою на лізосомальні захворювання накопичення, муколіпідози, мукополісахаридоз, розлади накопичення глікопротеїнів або розлади накопичення ліпідів. Гени на цій панелі включені до розширеної панелі метаболізму.
Було ідентифіковано близько 50 різних лізосомних хвороб накопичення. Ці порушення викликаються мутаціями, що призводять до дефіциту або зниження активності внутрішньоклітинних ферментів, що катаболізують біологічні макромолекули. Лізосомні хвороби накопичення викликаються лізосомальною дисфункцією внаслідок дефіциту одного ферменту, необхідного для метаболізму ліпідів, глікопротеїнів або мукополісахаридів. Відсутність або порушення ефективності цих ферментів призводить до накопичення специфічних макромолекулярних сполук у лізосомах у різних тканинах та органах, викликаючи прогресуючі ушкодження, які при деяких захворюваннях можуть стати небезпечними для життя. Хоча кожна хвороба окремо зустрічається рідко, як група вони мають захворюваність на частоту приблизно 1/7000-8000 при народженні, залежно від різних популяцій.
Лізосомні хвороби накопичення можуть проявлятися по-різному в інфантильній, ювенільній або дорослій формах. При захворюваннях, що починаються у дорослому віці, патогенез зазвичай протікає повільніше, ніж при інфантильних або ювенільних формах, і може включати периферичні симптоми та симптоми з боку ЦНС, тоді як інфантильні та ювенільні форми часто включають прогресуюче ураження центральної нервової системи на додаток до периферичних. Лізосомні хвороби накопичення виявляють клінічну гетерогенність. Симптоматична патологія може залежати від типу мутації та рівнів залишкових ферментів.
Більшість успадковуються аутосомно-рецесивно, проте деякі з них успадковуються рецесивно, зчеплене з Х-хромосомою, наприклад, хвороба Фабріі синдром Хантера. Іншими прикладами, що охоплюються цією панеллю, є хвороба Гоше (найпоширеніша лізосомна хвороба накопичення), хвороба Тея-Сакса, хвороба Помпе типу II, хвороба Салла, хвороба Краббе та хвороба Герлера. Ферментозамісна терапія в даний час доступна для шести лізосомних хвороб накопичення, що зазвичай використовується протягом усього життя з особливими методами лікування для кожної з них.
Ген | Асоційований фенотип | Спадкоємність.* | ClinVar** | HGMD** |
---|---|---|---|---|
ABCC8 | Гіперінсулінемічна гіпоглікемія, Діабет, постійний неонатальний, Гіпоглікемія, індукована лейцином, Цукровий діабет, транзиторний неонатальний, Легенева артеріальна гіпертензія (ЛАГ) | AD/AR | 170 | 641 |
ACY1 | Дефіцит аміноацилази 1 | AR | 5 | 14 |
ADAMTSL2 | Гелеофізична дисплазія 3 | AR | 8 | 28 |
ADSL | Дефіцит аденілосукцинази | AR | 24 | 57 |
AGA | Аспартилглюкозамінурія | AR | 48 | 37 |
ALDH5A1 | Дефіцит бурштинової напівальдегіддегідрогенази | AR | 16 | 70 |
ALDH7A1 | Епілепсія, піридоксин-залежна | AR | 52 | 123 |
AMT | Гліцинова енцефалопатія | AR | 42 | 95 |
ANTXR2 | Гіаліноз, дитячий системний, фіброматоз, ювелін гіаліновий | AR | 17 | 47 |
ARG1 | Гіпераргінінемія | AR | 28 | 54 |
ARSA | Метахроматична лейкодистрофія | AR | 113 | 246 |
ARSB | Мукополісахаридоз (Марото-Ламі) | AR | 118 | 201 |
ASAH1 | Спинальна м'язова атрофія з прогресуючою міоклонічною епілепсією, ліпогранулематоз Фарбер | AR | 16 | 71 |
ASPA | Дефіцит аспартоацилази (хвороба Канавана) | AR | 54 | 102 |
ATP13A2 | Хвороба Паркінсона (синдром Куфора-Ракеба) | AR | 21 | 40 |
BTD | Дефіцит біотінідази | AR | 170 | 247 |
CLN3 | Нейрональний цероїдний ліпофусциноз 3 типу | AR | 100 | 72 |
CLN5 | Нейрональний цероїдний ліпофусциноз 5 типу | AR | 62 | 47 |
CLN6 | Нейрональний цероїдний ліпофусциноз 6 типу | AR | 41 | 83 |
CLN8 | Нейрональний цероїдний ліпофусциноз 8 типу | AR | 45 | 44 |
COL11A2 | синдром Вейсенбахера-Цвеймюллера, глухота, отоспондиломегаепіфізарна дисплазія, фіброхондрогенез, синдром Стиклера 3 типу (неокулярний) | AD/AR | 29 | 57 |
COL2A1 | Аваскулярний некроз головки стегнової кістки, регматогенне відшарування сітківки, епіфізарна дисплазія з міопією та глухотою, чеська дисплазія, ахондрогенез 2 типу, платиспондилічна дисплазія типу Торранса, гіпохондрогенез, вроджена спонди спондилоепімететафізарна дисплазія (СЕМД) типу Струдвіка, дисплазія Кніста, Спондилопериферична дисплазія, СЕД легкого ступеня з передчасним початком артрозу, СЕД з укороченням плеснових кісток, синдром Стіклера 1 типу | AD | 180 | 561 |
CTNS | Цистиноз | AR | 76 | 148 |
CTSA | галактосіалідоз | AR | 17 | 38 |
CTSC | Пародонтит, юнацький, синдром Хаїма-Мунка, синдром Папійона-Лефевра | AR | 19 | 92 |
CTSD | Цероїдний ліпофусциноз, нейрональний | AR | 12 | 18 |
CTSK | Пікнодізостоз | AR | 35 | 58 |
DHCR7 | Синдром Сміта-Лемлі-Опіца | AR | 88 | 217 |
DPYD | Токсичність 5-фторурацилу, затримка розвитку з дисморфічною особою або без неї та аутизм | AD/AR | 62 | 86 |
DYM | Дісплазія Діггве-Мельхіора-Клаузена, дисплазія Сміта-МакКорта | AR | 22 | 34 |
ETFA | Глутарова ацидурія, множинний дефіцит ацил-КоА-дегідрогенази | AR | 8 | 29 |
ETFB | Глутарова ацидурія, множинний дефіцит ацил-КоА-дегідрогенази | AR | 6 | 15 |
ETFDH | Глутарова ацидурія, множинний дефіцит ацил-КоА-дегідрогенази | AR | 43 | 190 |
FH | Спадковий лейоміоматоз та нирково-клітинний рак | AD/AR | 178 | 207 |
FOLR1 | Церебральний дефіцит фолієвої кислоти | AR | 10 | 28 |
FUCA1 | Фукозідоз | AR | 19 | 33 |
GAA | Хвороба накопичення глікогену | AR | 193 | 573 |
GALC | хвороба Краббе | AR | 107 | 243 |
GALNS | Мукополісахаридоз (синдром Моркіо) | AR | 53 | 334 |
GAMT | Дефіцит гуанідиноацетатметилтрансферази | AR | 18 | 58 |
GBA | хвороба Гоше | AR | 84 | 488 |
GCDH | Глутарова ацидурія | AR | 90 | 241 |
GLA | Хвороба Фабрі | XL | 226 | 937 |
GLB1 | GM1-гангліозидоз, мукополісахаридоз (синдром Моркіо) | AR | 90 | 220 |
GLDC | Гліцинова енцефалопатія | AR | 139 | 425 |
GM2A | GM2-гангліозидоз, варіант AB | AR | 10 | 12 |
GNE | Проксимальна міопатія та офтальмоплегія, міопатія Нонака, сіалурія | AD/AR | 78 | 214 |
GNPTAB | Муколіпідоз | AR | 166 | 184 |
GNPTG | Муколіпідоз | AR | 45 | 46 |
GNS | Мукополісахаридоз (синдром Санфіліппо) | AR | 7 | 25 |
GPC3 | Синдром Сімпсона-Голабі-Бемеля | XL | 33 | 75 |
GUSB | Мукополісахаридоз | AR | 27 | 62 |
HEXA | Хвороба Тея-Сакса, GM2-гангліозидоз, дефіцит гексозамінідази А | AR | 128 | 194 |
HEXB | хвороба Сандхоффа | AR | 55 | 120 |
HGSNAT | Мукополісахаридоз (синдром Санфіліппо), пігментний ретиніт | AR | 43 | 72 |
HRAS | Синдром Костелло, вроджена міопатія з надлишком м'язових веретен | AD | 43 | 31 |
HYAL1 | Мукополісахаридоз | AR | 2 | 3 |
IDS | Мукополісахаридоз | XL | 85 | 637 |
IDUA | Мукополісахаридоз | AR | 105 | 282 |
L2HGDH | L-2-гідроксиглутарова ацидурія | AR | 15 | 79 |
LAMA2 | М'язова дистрофія, вроджена мерозин-дефіцитна | AR | 199 | 301 |
LAMP2 | Данон хвороба | XL | 62 | 101 |
LDB3 | Дилатаційна кардіоміопатія (ДКМП), міопатія, міофібрилярна | AD | 9 | 14 |
LIPA | Хвороба Вольмана, хвороба накопичення ефірів холестерину | AR | 27 | 93 |
MAN1B1 | Розумова відсталість | AR | 8 | 26 |
MAN2B1 | Манозидоз, альфа-В, лізосомальний | AR | 63 | 149 |
MANBA | Манозидоз, лізосомальний | AR | 16 | 19 |
MCOLN1 | Муколіпідоз | AR | 52 | 36 |
MFSD8 | Цероїдний ліпофусциноз, нейрональний | AR | 27 | 47 |
MOCS1 | Дефіцит кофактора молібдену | AR | 7 | 35 |
MOCS2 | Дефіцит кофактора молібдену | AR | 10 | 16 |
MYOT | Міопатія, міофібрилярна, М'язова дистрофія, кінцево-поясна, 1А, Міопатія, сфероїдне тіло | AD | 6 | 16 |
NAGA | Хвороба Канзаки, дефіцит альфа-н-ацетилгалактозамінідази, хвороба Шиндлера I типу, хвороба Шиндлера III типу | AR | 7 | 10 |
NAGLU | Мукополісахаридоз (синдром Санфіліппо), хвороба Шарко-Марі-Тута, аксональний, тип 2V | AR | 74 | 171 |
NEU1 | Сіалідоз | AR | 22 | 62 |
NPC1 | Хвороба Німанна-Піка | AR | 164 | 472 |
NPC2 | Хвороба Німанна-Піка | AR | 21 | 27 |
PEX1 | Синдром Геймлера, порушення фактора біогенезу пероксисом 1A, порушення фактора біогенезу пероксисом 1B | AR | 112 | 134 |
PEX10 | Адренолейкодистрофія, неонатальний, синдром Зеллвегера, порушення біогенезу пероксисом, атаксія | AR | 34 | 29 |
PEX12 | Синдром Зеллвегера, порушення біогенезу пероксисом | AR | 43 | 37 |
PEX13 | Адренолейкодистрофія, неонатальний, синдром Зельвегера, порушення біогенезу пероксисом | AR | 9 | 10 |
PEX16 | Синдром Зеллвегера, порушення біогенезу пероксисом | AR | 8 | 13 |
PEX26 | Адренолейкодистрофія, неонатальний, синдром Зельвегера, порушення біогенезу пероксисом | AR | 13 | 27 |
PEX3 | Синдром Зеллвегера, порушення біогенезу пероксисом | AR | 4 | 10 |
PEX5 | Адренолейкодистрофія, неонатальна, різомелічна точкова хондродисплазія, синдром Зеллвегера, порушення біогенезу пероксисом | AR | 8 | 14 |
PEX6 | Синдром Геймлера, порушення біогенезу пероксисом 4A, порушення біогенезу пероксисом 4B | AR | 58 | 107 |
PGK1 | Дефіцит фосфогліцераткінази 1 | XL | 16 | 26 |
PHYH | Хвороба Рефсуму | AR | 12 | 36 |
PPT1 | Цероїдний ліпофусциноз, нейрональний | AR | 94 | 77 |
PRODH | Гіперпролінемія | AR | 52 | 10 |
PSAP | Хвороба Краббе, атипова, Метахроматична лейкодистрофія, обумовлена дефіцитом сапозину-В, Комбінована недостатність сапозину, Хвороба Гоше, атипова, обумовлена дефіцитом сапозину С | AR | 18 | 26 |
QDPR | Гіперфенілаланінемія, дефіцит BH4 | AR | 14 | 66 |
RAI1 | Синдром Сміта-Магеніса | AD | 37 | 112 |
SGSH | Мукополісахаридоз (синдром Санфіліппо) | AR | 55 | 148 |
SLC17A5 | Сіалурія, фінська (хвороба Салла), дитяче порушення накопичення сіалової кислоти | AR | 52 | 54 |
SLC25A15 | Синдром гіперорнітінемії-гіпераммоніємії-гомоцитрулінемії | AR | 24 | 36 |
SLC46A1 | Мальабсорбція фолієвої кислоти | AR | 17 | 23 |
SMPD1 | Хвороба Німанна-Піка | AR | 110 | 249 |
SUMF1 | Множинний дефіцит сульфатази | AR | 21 | 53 |
SUOX | сульфоцистеїнурія | AR | 8 | 29 |
TCF4 | Дистрофія рогівки, ендотелій Фукса, синдром Пітта-Хопкінса | AD | 105 | 146 |
TPP1 | Спиноцеребеллярна атаксія, Нейрональний цероїдний ліпофусциноз 2 типу | AR | 75 | 112 |
* Тип успадкування: аутосомно-домінантний (AD), аутосомно-рецесивний (AR), мітохондріальний (mi), Х-зчеплений (XL), Х-зчеплений домінантний (XLD) та Х-зчеплений рецесивний (XLR); ** ClinVar, HGMD - кількість варіантів гена, класифікованих як патогенні або ймовірно патогенні в базі даних ClinVar, HGMD.
В панель дозволяється додати додаткові гени (до 200), пов'язані з симптомами, та видалити будь-які гени (щоб залишилося не менше 2). Вартість панелі може змінюватися, а саме:
- мала панель 2-25 генів ,
- середня панель 26-125 генів ,
- велика панель понад 126 генів .
Якщо аналіз виявив варіанти, що є можливою причиною хвороби, можна перевірити наявність цих варіантів у батьків. Аналіз окремих мутацій по Сенгеру.
Якщо аналіз не виявив варіантів, які є можливою причиною хвороби, можна розширити тестування до повного екзома Розширення панелі до повного екзома. Крім того, можна отримати сирі дані і робити повторну оцінку кожні кілька років. Можливо, згодом науці стануть відомі нові генетичні чинники захворювання.
Натще не потрібно, рясно пити воду.
Проводиться забір венозної крові в пробірку з ЕДТА 4 мл.
Забір матеріалу у нас у центрі або можна передати нам пробірку ЕДТА, взяту у будь-якій лабораторії. Про можливість забору у дітей уточнювати додатково.
У наших пунктах забору крім Києва забор матеріалу коштує .
Необхідно надати висновок лікаря з клінічною картиною (опис симтомів, діагноз), заповнити в електронному вигляді анкету.
Аналіз не проводиться для здорових людей без симптомів, у цьому випадку рекомендуються скринінгові аналізи на носійство.
За результатами секвенування необхідно отримати консультацію лікаря-генетика.