Аналізи ДНК в Україні
Всі аналізи/Панелі (секвенування NGS)
Представлена панель із 52 генів, яка включає оцінку некодуючих варіантів. Ідеально підходить для пацієнтів з будь-яким типом холестазу, в тому числі пацієнтів з клінічним подозрением на синдром Алажилля, цитрулінемію 2 типу, Криглера-Наджара 1 і 2 типи, Дубіна-Джонсона, синдром Жильбера, внутрішньопеченний холестаз вагітних 3 типу або прогресуючий сімейний внутрішньопечений холестаз 1 -4 типи.
Холестаз характеризується жовтухою і зудом. Він може виявити характерний ознака прогресуючого сімейного внутрішньопеченного холестазу ((PFIC) або ознаки інших спадкових захворювань, таких як алажиля, при якому холестаз виникає в 95% випадків в неонатальному періоді. PFIC являє собою групу аутосомно-рецесивних захворювань печені, зумовлених порушенням секреції жовчі та характеризуються внутрішньопеченевим холестазом з початком захворювання, як правило, у молодому віці та дитинстві. У пацієнтів з PFIC зазвичай розвивається фіброз і термінальна стадія захворювання печені до настання досконалого віку. Дефекти в асоційованих з холестазом генах ATP8B1 і ABCB11 також можуть викликати більш легке захворювання, яке називається доброякісним рецидивуючим внутрішньопеченним холестазом. Існує кілька інших спадкових захворювань, при яких часто зустрічається синдром холестазу, наприклад алажиля (JAG1 і NOTCH2), артрогрипоз, почечна дисфункція і синдром холестазу (синдром ARC; VPS33B і VIPAS39), дефіцит альфа-1-антитрипсину (SERPINA1), цитрулінемія (SLC25A13). ). ), вроджені дефекти синтезу желчної кислоти (HSD3B7 і AKR1D1), сімейна гіперхоланемія (TJP2 і BAAT) і синдром неонатального іхтіоза-склеротичного холангіту (CLDN1).
Распространенность PFIC невідома, в той час якість інших причин холестазу наступна: Дубіна-Джонсона 1:1300 в іранських або марокканських євреїв, синдром Алажиля 1:30000, синдром Криглера-Наджара 1:1000000. Распространенность синдрому Жильбера становить 3-7%, але він викликає тільки аномальні лабораторні дані, але не клінічні симптоми.
Ген | Асоційований фенотип | Наслід.* | ClinVar** | HGMD** |
---|---|---|---|---|
ABCB11 | холестаз, холестаз, доброякісний рецидивирующий внутрішньопеченочний, 2 | AD/AR | 35 | 299 |
ABCB4 | Захворювання жовчного міхура, низкофосфоліпід-ассоційований холелітиаз, холестаз | AD/AR | 27 | 224 |
ABCC2 | Синдром Дубіна-Джонсона | AD/AR | 29 | 46 |
AKR1D1 | Дефект синтезу желчних кислот, вроджений, 2 | AR | 7 | 14 |
ATP8B1 | Внутрішньопеченний холестаз вагітних, Сімейний внутрішньопечений холестаз, рецидивуючий, Холестаз, прогресуючий сімейний внутрішньопеченний, Доброякісний рецидивуючий внутрішньопеченний холестаз | AD/AR | 18 | 131 |
BAAT | Гіперхоланемія, сімейна | AR | 3 | 7 |
CFTR | Муковисцидоз, Врожденное двустороннее відсутність семявыносящего протока | AD/AR | 518 | 1803 |
CLDN1 | Іхтіоз, лейкоцитарні вакуоли, алопеція та склерозуючий холангіт | AR | 3 | 4 |
CREB3L3 | Гіпертригліцеридемія | AD | 9 | |
CYP7B1 | Дефект синтезу желчних кислот, спастична параплегія 5А, аутосомно-рецесивний | AR | 18 | 60 |
DCDC2 | Глухота, нефронофтиз, склерозирующий холангит, неонатальний | AR | 13 | 9 |
ДГУОК | Синдром істощення мітохондріальної ДНК, портальна гіпертензія, нецирротична, прогресуюча зовнішня офтальмоплегія з делеціями мітохондріальної ДНК, аутосомно-рецесивний 4 | AR | 23 | 62 |
EPCAM | Діарея 5, з тафтинговою ентеропатією, вроджена, колоректальний рак, спадковий неполіпоз | AD/AR | 38 | 80 |
FAH | Тирозинемія | AR | 53 | 102 |
HSD3B7 | Дефект синтезу желчних кислот, вроджений, 1 | AR | 8 | 25 |
JAG1 | Синдром Алажиля | AD | 131 | 610 |
LCT | Дефіцит лактази | AR | 11 | 15 |
LIPA | Болезнь Вольмана, хвороба накопичення ефіру холестерину | AR | 27 | 93 |
LMF1 | Комбінований дефіцит ліпази | AR | 4 | 14 |
MKS1 | синдром Барде-Бідля, синдром Меккеля | AR | 50 | 52 |
MPV17 | Синдром істощення мітохондріальної ДНК | AR | 35 | 50 |
MYO5B | Діарея з атрофією мікроворсінок | AR | 14 | 80 |
НЕЙРОГ3 | Діарея, мальабсорбція, вроджена | AR | 3 | 8 |
NOTCH2 | синдром Алажиля, синдром Хайду-Чейни | AD | 37 | 70 |
NPC1 | Болезнь Німанна-Піка | AR | 164 | 472 |
NPC2 | Болезнь Німанна-Піка | AR | 21 | 27 |
NPHP1 | Нефронофтиз, синдром Жубера, Сеньора-Локена | AR | 19 | 76 |
NPHP3 | Нефронофтиз, січно-печено-панкреатична дисплазія, синдром Меккеля | AR | 38 | 75 |
NPHP4 | Нефронофтиз, синдром Сеньйора-Локена | AR | 20 | 113 |
NR1H4 | Холестаз, прогресуючий сімейний внутрішньопеченочний 5 | AR | 6 | 5 |
PEX1 | Синдром Геймлера, порушення фактора біогенезу пероксисом 1A, порушення фактора біогенезу пероксисом 1B | AR | 112 | 134 |
PEX10 | Адренолейкодистрофія, неонатальний, синдром Зеллвегера, порушення біогенезу пероксисом, атаксія | AR | 34 | 29 |
PEX12 | Синдром Зеллвегера, порушення біогенезу пероксисом | AR | 43 | 37 |
PEX2 | Синдром Зеллвегера, порушення біогенезу пероксисом | AR | 16 | 18 |
PEX26 | Адренолейкодистрофія, неонатальний, синдром Зельвегера, порушення біогенезу пероксисом | AR | 13 | 27 |
PEX5 | Адренолейкодистрофія, неонатальна, різомелічна точна хондродисплазія, синдром Зеллвегера, порушення біогенезу пероксисом | AR | 8 | 14 |
PEX6 | Синдром Геймлера, порушення біогенезу пероксисом 4A, порушення біогенезу пероксисом 4B | AR | 58 | 107 |
SCYL1 | Спіноцеребеллярна атаксія, аутосомно-рецесивна 21 | AR | 12 | 6 |
СЕРПІНА1 | Дефіцит альфа-1-антитрипсину | AR | 49 | 80 |
SLC25A13 | Дефіцит цитрина | AR | 24 | 113 |
SLC26A3 | Діарея, секреція хлоридів, вроджена | AR | 55 | 88 |
SLCO1B1 | Гіпербілірубінемія, роторний тип, дигенна | AD/Digenic | 3 | 5 |
SLCO1B3 | Гіпербілірубінемія, роторний тип, дигенна | Digenic | 2 | 7 |
SMPD1 | Болезнь Німанна-Піка | AR | 110 | 249 |
SPINT2 | Діарея, секреторна натрієва, вроджена | AR | 6 | 12 |
TJP2 | Холестаз, прогресуючий сімейний внутрішньопеченочний, Гіперхоланемія, сімейний, Глухота, аутосомно-домінантний 51 | AD/AR | 25 | 27 |
TMEM216 | синдром Жубера, синдром Меккеля | AR | 17 | 8 |
TRMU | Печеночная недостатність, інфантильна, неправильна інфантильна недостатність дихальної цепи | AR | 20 | 21 |
TTC37 | Трихогепатоэнтеральний синдром, аутовоспалительной панцитопении | AR | 12 | 64 |
UGT1A1 | синдром Криглера-Наджара, синдром Жильбера, жовтого грудного молока | AD/AR | 29 | 144 |
VIPAS39 | Артрогрипоз, почечна дисфункція і холестаз 2 | AR | 8 | 13 |
VPS33B | Артрогрипоз - почечная дисфункция - холестаз | AD/AR | 17 | 58 |
* Тип успадкування: аутосомно-домінантний (AD), аутосомно-рецесивний (AR), мітохондріальний (mi), Х-зчеплений (XL), Х-зчеплений домінантний (XLD) та Х-зчеплений рецесивний (XLR); ** ClinVar, HGMD - кількість варіантів гена, класифікованих як патогенні або ймовірно патогенні в базі даних ClinVar, HGMD.
В панель дозволяється додати додаткові гени (до 200), пов'язані з симптомами, та видалити будь-які гени (щоб залишилося не менше 2). Вартість панелі може змінюватися, а саме:
- мала панель 2-25 генів ,
- середня панель 26-125 генів ,
- велика панель понад 126 генів .
Якщо аналіз виявив варіанти, що є можливою причиною хвороби, можна перевірити наявність цих варіантів у батьків. Аналіз окремих мутацій по Сенгеру.
Якщо аналіз не виявив варіантів, які є можливою причиною хвороби, можна розширити тестування до повного екзома Розширення панелі до повного екзома. Крім того, можна отримати сирі дані і робити повторну оцінку кожні кілька років. Можливо, згодом науці стануть відомі нові генетичні чинники захворювання.
Натще не потрібно, рясно пити воду.
Проводиться забір венозної крові в пробірку з ЕДТА 4 мл.
Забір матеріалу у нас у центрі або можна передати нам пробірку ЕДТА, взяту у будь-якій лабораторії. Про можливість забору у дітей уточнювати додатково.
У наших пунктах забору крім Києва забор матеріалу коштує .
Необхідно надати висновок лікаря з клінічною картиною (опис симтомів, діагноз), заповнити в електронному вигляді анкету.
Аналіз не проводиться для здорових людей без симптомів, у цьому випадку рекомендуються скринінгові аналізи на носійство.
За результатами секвенування необхідно отримати консультацію лікаря-генетика.